Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đảm bảo cho người chơi rằng việc chọn một nhân vật chính sẽ không ảnh hưởng đáng kể đến trải nghiệm của họ. Trò chơi cung cấp hai nhân vật có thể chơi được: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một samurai châu Phi lịch sử, một sự lựa chọn đã tạo ra cuộc thảo luận trước khi phát hành.
Mối quan tâm nảy sinh rằng việc tập trung vào một nhân vật có thể dẫn đến các yếu tố câu chuyện bị bỏ lỡ hoặc trò chơi. Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đã giải quyết những mối quan tâm này, mô tả cách tiếp cận cân bằng của riêng mình: ông xen kẽ giữa Naoe và Yasuke, dành khoảng 3-5 giờ với một trước khi chuyển sang người kia.
Tuy nhiên, Dumont nhấn mạnh rằng người chơi sẽ không bị thiệt thòi đáng kể khi ủng hộ một nhân vật duy nhất. Trong khi mỗi nhân vật chính có các chuỗi mở đầu và cốt truyện cá nhân độc đáo, thì câu chuyện cốt lõi thích nghi với con đường được chọn của người chơi. Ông khuyến khích người chơi làm theo sở thích của họ: Thiết kế của trò chơi đảm bảo trải nghiệm hoàn chỉnh bất kể trọng tâm nhân vật. Mỗi nhân vật có giới thiệu riêng và nhiệm vụ cá nhân riêng biệt, nhưng trò chơi và câu chuyện tổng thể vẫn có thể truy cập được.