De hoofdontwikkelaar van Assassin's Creed Shadows verzekert spelers dat het kiezen van een enkele hoofdrolspeler hun ervaring niet significant zal beïnvloeden. De game biedt twee speelbare personages: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai-een keuze die de discussie voor de release heeft gegenereerd.
Er ontstonden bezorgdheid dat de focus op één personage kan leiden tot gemiste verhaalelementen of gameplay. Creatief directeur Jonathan Dumont ging over deze zorgen, die zijn eigen evenwichtige aanpak beschrijft: hij wisselt zich af tussen NAOE en Yasuke en besteedt ongeveer 3-5 uur met één voordat hij naar de andere overschakelt.
Dumont benadrukt echter dat spelers niet significant worden benadrukt door een enkel personage te begunstigen. Hoewel elke hoofdrolspeler unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen bevat, past het kernverhaal zich aan aan het gekozen pad van de speler. Hij moedigt spelers aan om hun voorkeuren te volgen: het ontwerp van de game zorgt voor een volledige ervaring, ongeacht de karakterfocus. Elk personage heeft zijn eigen duidelijke introductie en persoonlijke missies, maar de algehele gameplay en het verhaal blijven grotendeels toegankelijk.