O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo oferece dois personagens jogáveis: Naoe, uma shinobi feminina e Yasuke, um samurai africano histórico-uma escolha que gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre Naoe e Yasuke, gastando aproximadamente 3-5 horas com um antes de mudar para o outro.
No entanto, Dumont enfatiza que os jogadores não serão significativamente desfavorecidos, favorecendo um único personagem. Enquanto cada protagonista apresenta sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa principal se adapta ao caminho escolhido pelo jogador. Ele incentiva os jogadores a seguir suas preferências: o design do jogo garante uma experiência completa, independentemente do foco do personagem. Cada personagem tem sua própria introdução e missões pessoais distintas, mas a jogabilidade e a história em geral permanecem amplamente acessíveis.