Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco offre due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, una scelta che ha generato una discussione pre-rilascio.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a elementi o gameplay mancati. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: alterna tra Naoe e Yasuke, trascorrendo circa 3-5 ore con una prima di passare all'altro.
Tuttavia, Dumont sottolinea che i giocatori non saranno significativamente svantaggiati favorendo un singolo personaggio. Mentre ogni protagonista presenta sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrativa principale si adatta al percorso scelto del giocatore. Incoraggia i giocatori a seguire le loro preferenze: il design del gioco garantisce un'esperienza completa indipendentemente dalla messa a fuoco del personaggio. Ogni personaggio ha la propria distinta introduzione e missioni personali, ma il gameplay e la storia complessivi rimangono in gran parte accessibili.