हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई-एक विकल्प जिसने पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न की है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से कहानी के तत्व या गेमप्ले को याद किया जा सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: वह नाओ और यासुके के बीच वैकल्पिक रूप से, दूसरे पर स्विच करने से पहले एक के साथ लगभग 3-5 घंटे बिताते हैं।
हालांकि, ड्यूमॉन्ट इस बात पर जोर देता है कि खिलाड़ियों को एक ही चरित्र के पक्ष में बहुत वंचित नहीं किया जाएगा। जबकि प्रत्येक नायक में अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रम और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन हैं, कोर कथा खिलाड़ी के चुने हुए पथ के लिए अनुकूलित करती है। वह खिलाड़ियों को अपनी वरीयताओं का पालन करने के लिए प्रोत्साहित करता है: खेल का डिजाइन चरित्र फोकस की परवाह किए बिना एक पूर्ण अनुभव सुनिश्चित करता है। प्रत्येक चरित्र का अपना अलग परिचय और व्यक्तिगत मिशन होता है, लेकिन समग्र गेमप्ले और कहानी काफी हद तक सुलभ है।