Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu propose deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique - un choix qui a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il alterne entre Naoe et Yasuke, passant environ 3 à 5 heures avec l'un avant de passer à l'autre.
Cependant, Dumont souligne que les joueurs ne seront pas significativement désavantagés en favorisant un seul personnage. Alors que chaque protagoniste présente des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit principal s'adapte au chemin choisi du joueur. Il encourage les joueurs à suivre leurs préférences: la conception du jeu garantit une expérience complète quelle que soit la focalisation des personnages. Chaque personnage a sa propre introduction et ses missions personnelles, mais le gameplay et l'histoire globaux restent largement accessibles.